Boas. Estou a falar de cor porque não conheço bem esses motores, mas o principio deverá ser o mesmo dos TDIs mais antigos.
Pelo que percebi, adquiriste um turbo com coletores que, apesar de fisicamente serem compatíveis com o teu motor a nivel de encaixe, pernos etc, a saída para a EGR não coincide.
Podes vedar essa saida, mas vais ter de meter um supressor de EGR e eliminas fisicamente, ou entao deixas ficar a EGR e vedas também a entrada dos gases de escape (onde liga o tubo que fornece os gases de escape provenientes dos coletores).
Atenção que eliminar a EGR vai-te obrigar a eliminá-la eletrónicamente (numa repro fazem-te isso) senão vais ter erros no quadrante.
PS.: De certeza que os coletores cabem nesse bloco? Estou a assumir que o um turbo que adquiriste vem agarrado a coletores para os TDI VP e PD 1.9 e acho que esses não são Plug & Play nesse motor...