eu tb tinha um problema parecido, ja foi a um tempo, era o shuffle, e eu para apagar musicas formatava o ipod, e nem percisas de usar o itunes, é simples
meu computador> ipod> botao direito do rato> formatar
fiz isso varias vezs, nunca deu probs, n faço agora pq dei cabo do ipod com um acidente k tive :P