Só por substituires o cardan do veio não seria de esperar que ficasse descalibrado.
Possui pastilhas de calibragem soldadas no seu corpo e só fica descompensado quando leva alguma pancada valente que o possa empenar. Ou por vezes com sujidade que se agarre e acumule no veio. Faz uma limpeza completa.
O cardan/cruzeta que usaste é de origem ou de concorrência? Pode estar com defeito... reclama a peça e tenta montar outra a ver se o sintoma se mantém.
O que chamas girar com diferença? O veio levou alguma pancada? É possível notar visualmente essa falta de calibração, ou nota-se apenas por vibrações ou ruídos?
Se houver mesmo empeno ou falta de calibração no veio, aconselho-te a substituires, se tiveres sorte, arranjas um em bom estado barato. Calibragem desse tipo de componente não é vulgar de ser feita, e pode ser mais cara do meter outro veio.
Um veio novo é caro, mas usado, podes talvez encontrar por menos de 50 Euros. Novo custa mais de 500...
Uma opção DIY, se quiseres tentar, é ires a uma oficina de torneiro e rectificá-lo geométricamente, eliminas os empenos, mas dinâmicamente, só mesmo na máquina própria que o calibra inercialmente ( mede e calibra em função das massas em rotação, tal como num conjunto jante/pneu numa oficina de pneus ).
Na BMW fazem essa calibragem, dado que até vendem as pastilhas de calibragem em separado. Não sei quanto custará o serviço, mas deverão cobrar no mínimo uma hora. E não deve ser em todos os concessionários que fazem esse serviço, devem mandar para Lisboa ou Porto pra calibrar.
Abraço.